Tačno vreme izgradnje manastira Sopoćani za sada nije poznato. Osnivačka povelja je u minulim vremenima izgubljena, a natpis u tamburu kupole, koji je između ostalog govorio i o vremenu oslikavanja hrama SveteTrojice, oštećen je baš na mestu gde je bila zapisana godina živopisanja crkve. Ukoliko se prihvati činjenica da freske nisu mogle nastati pre 1263. godine, nameće se zaključak da su osnivanje manastira i zgradnja hrama Svete Trojice započeti u šestoj deceniji 13. veka.
Manastir je bio formiran na zaravni usečenoj u padinu, koja se spuštala na jug prema reci Raškoj, i na istok prema potoku koji se u nju uliva. Manastirska porta je imala približno kružni oblik, kao i svi srpski manastiri. Ostaci manastirskih građevina nisu otkriveni jedino na istočnoj strani.
Kralj Uroš I je Sopoćanima namenio i ulogu porodičnog mauzoleja. U priprati je sahranjena njegova majka, kraljica Ana Dandolo, unuka mletačkog dužda Enrika i treća supruga kralja Stefana Prvovenčanog. Pored nje, u manastiru počivaju najverovatnije i kraljeva braća od strica, sinovi kneza Vukana, knez Đorđe i Mladen koji je možda bio i prvi iguman Sopoćana. U naosu su sahranjeni kralj Uroš I, u južnom delu zapadnog traveja, kao i arhiepiskop Joanikije, čije se grob nalazi u severnom delu zapadnog traveja. U Sopoćanima su dugo bile i mošti kralja Stefana Prvovenčanog, koje je tu preneo njegov sin, kralj Uroš I.
Krajem 14. veka manastir doživljava svoje prvo veće stradanje. Veliki broj zgrada bio je spaljen i porušen, ali je obimna obnova usledila brzo, najverovatnije između 1392. i 1396. godine. Period najveće obnove crkve i manastirskog naselja usledio je od kraja 16. do poslednje četvrtine 17. veka. Pojedine prostorije manastirskih građevina pretrpele su izmene zbog većeg priliva monaha u tom periodu. Te intervencije nisu nastale u jednom trenutku što se manifestuje primenom različitih tehnika gradnje i korišćenih materijala. Na crkvi su najveće intervencije obavljene na spoljnoj priprati i zvoniku, a 1620. godine izvršeno je i prepokrivanje crkve olovnim limom.
U drugoj polovini 17. veka osmansko carstvo potresale su bune i neredi. Godine 1683. osmanska vojska je doživela slom pri opsadi Beča što je prouzrokovalo njeno povlačenje ka jugoistoku. Narod je austrijske, venecijanske i poljske trupe dočekivao kao oslobodioce. Oko Novog Pazara 1688. godine vodile su se borbe, a dubrovčki trgovci su napustili grad. Iste godine srpski dobrovoljci su spalili Novi Pazar. Sreća ustanika bila je kratkog veka jer su Osmanlije ponovo preuzele ofanzivu. Usledila je odmazda prema srpskom stanovništvu koja je prouzrokovala i negovu seobu u južne oblasti austrijske države. Nakon ovih događaja usledili su najdramatičniji dani, ne samo za Sopoćane, već i za manastire Đurđevi Stupovi i Sveta Varvara, danas poznatiji kao Reljina gradina, koji su ostali napušteni. Sopoćani sve do prve polovine 20. veka, Đurđevi Stupovi do 2003. godine, dok manastir Svete Varvare još uvek nije obnovljen. Osmanlije su zapalili manastirske zgrade u Sopoćanima, sa crkve su skinuli olovni krov i odneli sve što su smatrali vrednim. Monasi su neposredno pre njihove odmazde napustili manastir i povukli se na sever noseći sa sobom dragocenosti. Usledilo je konstantno propadanje crkve i manastirskih zgrada, o čemu nas izveštavaju retki posetioci i putopisci.
Dvadeseti vek Sopoćani su dočekali u vrlo lošem stanju. Vidljivih ostataka manastirskih zgrada gotovo da nije ni bilo, a crkva je delovala krajnje oronulo. Kupola je bila do pola srušena, a svodovi nad naosom i narteksom su bili urušeni. Ništa bolje nisu izgledali ni egzonarteks i zvonik.
Manastir Sopoćani danas je poznat u celom svetu po svojim freskama koje predstavljaju remek delo svetskog slikarstva druge polovine 13. veka. To je i bio razlog da se nađe na UNESCO-voj listi svetske baštine zajedno sa starim Rasom, Đurđevim Stupovima i Petrovom crkvom.